活性氧离子除臭工作原理是离子发生器发射出高能正、负离子，它可以与空气当中的有机挥发性气体分子（VOC）接触，打开VOC分子化学键，分解成二氧化碳和水；对硫化氢、氨同样具有分解作用；离子发生器发射离子与空气中尘埃粒子及固体颗粒碰撞，使颗粒荷电产生聚合作用，形成较大颗粒靠自身重力沉降下来，达到净化目的；发射离子还可以与室内静电、异味等相互发生作用，同时有效地破坏空气中细菌生存的环境，降低室内细菌浓度，并将其完全消除。
空气里的氧分子(O2)带有轻微的磁性，生物氧空气净化器产生一个能场，在产生能场的过程中不会产生(UV)紫外线。当空气通过能场时，能就被氧分子吸收，当氧分子吸收能时，它们的磁性就变得更强，使氧分子成束状，外形似一串葡萄。我们简称为“氧束”。
这些“氧束”由多达约一百万个氧分子组成，因此，这些氧束比一般的氧分子更为活跃。这些氧束在空气中循环运动，提高氧气的氧化能力，驱散香烟的烟味、尼古丁、尘粒、细菌、气味（氨、甲硫醇、甲硫醚等）、化学气体。污染物与这些氧束碰撞和相互作用时被中和，可氧化的气味和化学气体，比如一氧化碳、硫化氢、苯、甲醛、酚和甲烷就很快地被这些氧束的作用和氧化过程有效地从空气中去掉，污染物一般可在数分钟内被消除。
